Kościół pod wezwaniem św. św. Filipa i Jakuba w Sękowej jest unikatowy jeszcze pod jednym względem. Na wewnętrznych belkach więźby dachowej zachowały się czynione kredą znaki dawnych mistrzów ciesielskich z XVI w.

To niesamowite, że coś tak ulotnego, tak podatnego na zniszczenia przetrwało do naszych czasów. Patrząc na zagadkowe znaki w kościele w Sękowej, znaki, które można by zetrzeć jednym pociągnięciem ręki, trudno oprzeć się wrażeniu, że oto cofnęliśmy się w czasie, a zza węgła wychynie zaraz postać dziwnie ubranego człowieka z siekierą.

Kościół w Sękowej, malowniczo wkomponowany w otaczający go krajobraz, powstał ok. 1520 r. w stylu charakterystycznym dla obszaru Małopolski. Jego gotycki charakter został w późniejszych latach nieco zatarty poprzez dobudowanie do niego (istniejącej do dziś) wieży oraz dodanie sobotów, a także wieżyczki na sygnaturkę.

Charakterystyczna bryła świątyni wyróżnia się niezwykłą strzelistością gontowych dachów oraz ogromną ich powierzchnią, sięgającą niemal samej ziemi.

We wnętrzu kościoła zwraca uwagę profilowana belka tęczowa z drewnianym krucyfiksem z XVI w., późnorenesansowy ołtarz główny z początku XVII w. oraz bogato zdobiona, gotycka chrzcielnica z 1522 r. Na południowej ścianie kościoła zachowały się fragmenty dawnej polichromii sprzed 1888 r.

Ciekawostką związaną z tutejszym kościołem jest przyznanie za jego konserwację w roku 1995 prestiżowego medalu organizacji Europa Nostra.