Pierwsza wzmianka o Kornatowie pochodzi z 1437 roku. Wieś jest wymieniona wówczas jako własność Zakonu. Kolejna wzmianka z 1525 r. mówi już, że była własnością Franciszka Estkena z Torunia.
Jednak prawdziwy rozwój wsi rozpoczął się po wybudowaniu linii kolejowej z Torunia do Grudziądza, która została oddana do użytku w 1882 r., a po wybudowaniu rok później linii Kornatowo - Chełmno, została stacją węzłową z dużym dworcem i rozbudowanym węzłem kolejowym. Linię Kornatowo - Chełmno zamknięto w 2000 r. i już rozebrano.
