Według jednej z wielu legend, dawniej Trzeszczany otaczał z trzech stron las, tworząc jakby trzy ściany. Stąd prawdopodobnie miejscowość ta nosiła nazwę Trzyściany. W późniejszym okresie nazwa ta została przekształcona na Trzeszczany.
W 1441 roku odnotowano, iż występował Jakub i Piotr, bracia z Trzeszczan. Przed 1468 rokiem powstała we wsi parafia łacińska. Rejestr poborowy z 1531 roku notował w Trzeszczanach l i 1/2 łana użytków i młyn o 1 kole. W 1630 roku zanotowano we wsi epidemię wywołaną przez morowe powietrze.
W 1717 roku Trzeszczany należały do Michała Potockiego, a w 1789 roku wieś na publicznej licytacji nabyła Dominika Wyżga (APZ, Akta hipoteki Trzeszczany). W 1843 roku majątek odziedziczyła przyrodnia siostra Dominiki Wyżgi - Feliksa z Bełżeckich Estko, a następnie w spadku po matce otrzymała w 1856 roku Władysława Estko, zamężna za Maurycego Załuskiego.
Dominika Wyżga wybudowała w Trzeszczanach pałac piętrowy murowany, kryty gontem i założyła park krajobrazowy. Spis z 1827 roku notował miejscowość w powiecie hrubieszowskim i parafii Trzeszczany. Liczyła wówczas 66 domów i 428 mieszkańców. W 1868 roku dobra Załuskich liczyły 2717 mórg powierzchni, w tym 36 mórg ogrodów. Obok pałacu istniał także spichlerz murowany piętrowy, oficyna drewniana, prawdopodobnie rządcówka, cztery stodoły drewniane, dwie owczarnie murowane, chlewiki, studnie, domy dla służby folwarcznej, browar, karczma, młyn wiatrowy, kuźnia.
